一是系统运行不稳定。不能长期稳定的运行，这是一个大的问题。
二是运行效率不高。理论上的运行效率可能是95%或者多少，但运行之后发现效率并不高，不能达到预想的效果。
三是运行成本比原预想的要高，或者说与其他的脱硫工艺相比偏高。这个问题将会对企业带来比较大的压力。
四是系统腐蚀比较严重，既腐蚀脱硫设备及管路，还腐蚀周边的环境，造成二次污染或者是污染源增加。这个问题主要体现在以下方面：
——废水，废水最突出的是氯离子问题，国家标准对氯离子是没有控制的，包括硫酸根，排放指标里没有这一项。用这种废水浇树浇花都可能将其浇死。究其原因是废水里含盐份太高，即使被稀释了，但总量还在。
——废渣，包括烟囱的泥雨，以前叫烟囱雨，落地后发现还带有泥。烟囱排出来虽然是粉尘，但里面除不掉的就是泥，现在叫泥雨。这些废水及烟囱泥雨里的污染源再加上重金属、二恶英等，可能就对周围环境造成二次污染，或污染源转嫁。
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